cuarta temporada

En esta temporada, Michael comienza la busqueda de los asesinos de su gran amor y los que han provocado que su vida sea un infierno. Aunque consigue acercarse, él y otros personajes de la serie son capturados por el agente federal Don Shelf y practicamente obligados a trabajar para él en la caida de La Compañçia. Con un grupo formado por el propio Michael, comienzan la busqueda de Scylla, el libro negro de La Compañía y que de caer en las manos adecuadas sería el final de esta. Para llegar a Scylla, Michael tendra que hacer uso de su inteligencia e ideando los planes mas peligrosos, pero efectivos, consigue una a unas las tarjetas necesarias para conseguir Scylla. Finalmente, y tras obtener 5 de las 6 tarjetas, Michael idea un nuevo plan para entrar en unas instalaciones de maxima seguridad donde se esconde el descodificador de las tarjetas. Allí, tiende una trampa al General Kranz, jefe supremo de La Compañía y portador de la ultima tarjeta. Michael roba Scylla, que resulta ser un dispositivo con toda la información que necesitan. Tras huír del cuartel general de La Compañía, Michael entrega Scylla a Shelf, quien supuestamente les entrega su libertad. Posteriormente, se dan cuenta que han sido engañados y huyendo de nuevo de la justicia, Michael, al igual que La Compañía busca recuperar el dispositivo. Durante el proceso, Michael es capturado y Linconl obligado a recuperar Scylla a cambio de que La Compañía salve la vida de Michael, curando el tumor cerebral que este tiene. En un intento por convertirlo en agente de La Compañía, Kranz envía a Michael a una casa en medio del bosque, en la cual un doctor intenta lavarle el cerebro a Michael de cualquier forma posible. Gracias a Sara, este consigue escapar y comienza una carrera contra el tiempo y contra su propio hermano, que pretende devolver al general Scylla y recuperar su vida. Michael saber que a no ser que La Compañía sea destruida, no tendran una vida ni seran libres. En este momento entra en juego un nuevo enemigo, que resulta ser Cristina Scofield, la madre de Michael y Linconl. Cristina tiene Scylla y Michael hara todo lo posible por recuperarla. Tras su primer encuentro, queda más que claro que Cristina es más peligrosa de lo que parece. Capaz de manipular a Michael y de adelantarse a cualquier plan de este. Intenta manipularlo para que se una a ella con varias artimañas incluso confesandole que Linconl no es su hermano, y que este fue adoptado. Michael se une de nuevo a Linconl pero caen en una trampa de la propia Cristina. Vuelven a ser inculpados por un asesinato y mientras, Cristina aprovecha para vender Scylla y con ello, intentar provocar un conflicto internacional que podría convertirse en la III Guerra Mundial. Michael y Linconl escapan por poco, sin Scylla. Posteriormente, persiguen a Cristina, presionados por Kranz y recuperan el dispositivo, pero durante la huída, Linconl es atrapado por Cristina y acaba siendo disparado por esta, provocandole una hemorragia que acabara con su vida en horas. Al mismo tiempo, Sara tambien es atrapada por el general. En este punto, Michael es obligado a elegir entre la vida de su hermano o la de Sara. En los capítulos finales, Michael se enfrenta a Cristina con todas sus armas, sin importarle lo que le pase a su madre. Al mismo tiempo, Mahone le ayuda a su modo, y consiguen acabar con Cristina, ya que no se espera ese movimiento al venir de Michael pero ejecutado por Mahone. Michael rescata al mismo tiempo a Sara y se reunen con Mahone y Linconl, por lo que se dirigen a un hospital. Allí son capturados por agentes de La Compañía y rescatados posteriormente por C-note y Sucre. Con Kranz acabado, todos se reunen dispuestos a entregar Scylla a quien puede exonerarlos. En ese momento, Cristina reaparece y Michael se enfrenta a ella. Cuando este intenta disparar, su pistola se encasquilla pero es rescatado por Sara que dispara a Cristina y esta a su vez a su hijo. Michael huye con Scylla y es encontrado por Kellerman. Tras esto, Michael, Sara, Linconl, Sucre, Mahone y C-note son exonerado. Cuatro años despues todos viven sus vidas y se reunen. Sara vive feliz con su hijo, Michael junior. Todos se reunen en la tumba de Michael, que murio a los pocos meses de acabar con La Compañía a causa del tumor. Michael muere a los 31 años, pero en cierto modo, se puede decir que por fín consiguió ser libre.